The Center of Protein Designist

HELP

ver 1.00-2.31(code name:Mountain dragon)

ダウンロードしたzipファイルを解凍してください。

"ProteinDesignist.jar"(windows)をダブルクリックすることで始まります。

このソフトでこんなことができる。

1. 翻訳後修飾や複雑なS-S結合をもつ蛋白質の配列情報を他の人と簡単にやり取りできる。
2. 難しい翻訳後修飾の設計ができる。
3. NMR等で使用する¹³Cや¹⁵Nによる同位体蛋白質の分子量を計算する。
4. 消化酵素や化学切断によるフラグメントのシミュレーションをする。
5. アミノ酸組成、鎖長、分子量が自動的に計算されます
6. 蛋白質の疎水部位や親水部位を調べる。（修飾未対応）
7. ...... など.

オリジナルの蛋白質やペプチドを作る。

1. 配列を上部の空欄に打ち込んでください。
2. 「Create」ボタンを押してください
   • 蛋白質が完成です。
   • アミノ酸組成、鎖長、分子量が自動的に計算されます
3. もし、修飾をかけたいアミノ酸があればそのアミノ酸をクリックしてください。指示に従うことで簡単に修飾することが出来ます。
4. 出来上がった蛋白質の酵素消化断片をシミュレートすることが出来ます。
5. ...... など.

Polysaccharide Maker ("Serine(S)", "Threonine(T)", "Asparagine(N)"に糖鎖を修飾することができます）

1. アミノ酸を選んでください(S, T, 或いは N).
2. Polysaccharide Maker スタート.
   • "Start/Renew"ボタンを押してください.
   • 単糖を選んでください.
   • 結合タイプを選んでください.
3. 分岐を作ることも出来ます（ver2.20から三分岐も対応）.
4. "Finish"ボタンを押してください.
5. 再び蛋白質のデザインに戻ります.
6. 糖鎖のデータは"*.psm"で保存することが出来ます.

修飾

1. N末端のメチル化
2. N末端のアセチル化
3. リン酸化(S,T)
4. リン酸化(Y)
5. ジスルフィド結合
6. アセチル化(K)
7. C末端アミノ化
8. N 結合型糖鎖修飾(N)
9. O 結合型糖鎖修飾(S,T)

サンプル画像

アイデア, 要望, 新しい配列のエントリーは ""まで.